홍채에서 표현되는 많은 표식과 징후 그리고 유전적 발병 경향성을 내포하는 체질의 분류와 해석을 통하여 치료의 방향을 설정할 수 있다.
홍채진단의 의의는 인체조직과 기능상태의 상관관계를 파악하여, 증상만을 억제하는 대증치료나 역증치료의 피해를 최소화하며, 인체의 통합적인 치료의 필수 요소인 전체적 파악의 진단적 정보를 제공하며, 치료과정에서도 임상적 조절과 치료의 방향에 대해 전체적 투시를 가능하게 한다.
홍채진단을 통하여 건강상태, 질병을 유발하는 유전적 경향, 체질, 신경계의 반응과 체액의 병리적 상태, 노화의 정도뿐만이 아니라 증상과 질병의 본질을 파악하게 한다.
치료란 건강과 질병의 파악을 위해 인체의 무엇을 보고 이해하였는가하는 것이 전제되어야 한다.
홍채에서 관찰되는 모든 표식과 소견들이 각 기관과 장기의 저항력과 취약성, 체액징후적 소견과 신경반사적 징후를 표현함으로써, 임상 응용시 이러한 정보를 각 질환이 나타내는 임상적 병리상태와 연결하는 작업이 매우 중요하다. 홍채진단의 초기에 한의학적 진단에서는 미흡한 해부학적 질병부위의 용이한 파악으로 한방임상에서 매우 획기적인 활용이 기대되다가도, 홍채소견의 발생기전이 매우 정밀한 신경학적 요소와 혈액화학적 요소 및 유전적 요소를 주된 근거로 함으로 인해, 이에 대한 충분한 지식이 없이는 홍채진단은 매우 난해하고 불편한 진단법의 하나로 전락한다.

또한 홍채관찰로 진단할 수 없는 많은 질환과 신체적 상태가 있다. 임신처럼 인체에 어떠한 병리적 상태도 발현시키지 않는 정상생리반응이나, 자궁의 확대등의 인체 적응가능한 기관의 변화등이 포함된다. 그 반면 체질에 따라 신경계의 이상적 과민반응의 개체에 있어, 임상적으로 병적상태가 아님에도 불구하고 신경반사의 항진으로, 신경링이나 유독성 radii, 자율신경환의 돌출을 나타낼 수 있다. 요추간판탈출증과 같은 질환에서도 어느경우는 해부학적 심각성과는 반대로 환자 자신의 고통상태에 비례하여 소견이 발현되는 경우가 많아, 질병명보다는 환자의 자각적 고통 부위를 진단하는데 더 용이하기도 하다. 또한 홍채에 매우 크게 보이는 (열공)lacuna이 아무런 임상증상을 나타내지 않는 것에 반해, 그보다 작은 (음와)crypt나 연필심끝 보다 작게 나타나는 defect(결손징후)가 보다 심각한 병리상태를 나타낸다.

홍채학은 단순한 진단법이 아니라 의학계에 환자의 건강상태와 질환에 대하여 새로운 병리해석을 요구하며, 그 해답을 제공하는 통합적 의학체계의 하나이다.
종양환자에 대한 J. Deck의 임상예를 살펴보면 다음과 같다.

진 단 : 췌장암, 복수, 유방암(좌우)
Mrs. D.. 49세
PI : 환자가 홍채진단을 위하여 내원시에는 이미 좌측 유방에 주먹 크기의 종양이 있었다.
경 과 : 부인과의사에게 3기 유방암의 좌측 유방 절제 수술을받고, 난소 검진과 복수 천자를 통해 9리터의 복수를 배출시켰다.
그리고 모든 검사에서 음성이 나와 임상의사들은 홍채 진단에서의 췌장암 진단을 믿기를 거부했다.
치료에도 불구하고 복수는 다시 생겼으며, 환자는 악액질 상태에 빠져 홍채진단의 병리에 의해 사망하였다. 홍채 소견
▷ 우측홍채
1) 췌장 3대증(pancreatic triad)은 복수를 의미함
2) 6∼7시에 췌장영역의 거대 열공(giant lacuna)과 가까이 붙어있는 7 시에 결손(defect)은 췌장두(pancreatic head)의
체질적 종양을 의미함
3) 12시에 ANW에 있는 결손은 횡행결장과 복막의 침습을 의미함.

▷ 좌측홍채
1) 5시에 있는 췌장열공이 결장영역에 가까이 있다. 포피린 색소반점 (porphyrinpigment)이 결장영역으로 번져있는 것은
종양을 의미함.
2) 2시와 4시 영역에 작은 결손(small defect)은 유방 종양을 의미함
* pancreatic triad : pancreatic markings, pulmonary marking-bronchi, sinus marking(2' clock)