홍채학은 헝가리에서 태어난 한 어린소년의 흥미로운 관찰에서 비롯되었다. 그 어린소년이 바로 홍채학의 아버지라 불리는 이그낫츠 본 페크제리이다. 그는 1826년 부다페스트 근교 에게바에서 출생하였으며, 11세때 우연히 다리가 부러진 올빼미의 눈동자에서 한가닥의 검은 선이 나타났다가 치료한 후 검은선 대신 희고 구불구불한 줄이 생겨난 것을 발견하였는데, 이것을 인상깊게 여기고 있던 이 어린소년이 그후 의사가 되어 환자들의 질병과 홍채에 나타나는 표시들과의 관계를 점진적으로 연구하여 눈을 통한 진단을 시작하였고, 이로부터 홍채학의 역사는 시작되었다.(1861년)

홍채학은 그후 닐스 릴제 퀴스트에 의하여 더욱 발전하였는데 "눈을 통한 진찰"이라는 그의 저서가 영어로 번역되어 홍채를 통한 진단학이 미국에 전해지게 되었다.(1890년대) 20세기에 와서 홍채학의 발전에 가장 큰 기여를 한 인물은 오스트리아 사람인 헨리 에드워든 레인 박사이다.
그는 "눈을 통한 진단법-홍채학"이라는 책을 1904년 워싱턴에서 출간하여 홍채학에 대한 강의와 이 방법을 통하여 환자들을 진찰, 치료함으로 이 분야에 큰 기여를 하였다.

홍채학의 가장 자세하고 정확성이 높은 이론과 실체를 정립한 사람은 버나드 젠슨 박사인데 그는 1908년 캘리포니아에서 태어나 아버지의 뒤를 이어 카이로 프랙틱의사로 1929년 오클랜드에서 개업하게 된다.
그후 그 자신의 건강이 악화되어 여러 의사들을 찾아 다녔으나 치료하지 못하고 있던 중 당시 베틀크릭 세니타리움 원장이었던 켈록박사의 권유로 자연치료(自然治療)를 소개받고 그의 프로그램을 따라 행함으로 건강을 회복할 수 있었다. 이것은 젠슨에게 전환점이 되었고 이후로 그의 분야를 자연치료로 돌렸다.
자연치료를 공부하던 중 그는 시카고의 한 대학에서 홍채학을 접하게 되었다.
그후 젠슨은 자신의 요양원을 경영하며 수 많은 환자들을 접하면서 홍채학과 자연치료를 시술함으로써 홍채학에 대한 이론과 실체를 정립하고 홍채 챠-트를 발표하여 이 분야의 최고 권위자로 인정받게 되었다.
국내에서는 약 1년여의 준비 끝에 한의사, 의사, 과학자가 함께 동참하는 대한 홍채 의학회가 1998년 7월 12일 창립되어 그동안 각 개인별로 진행되오던 홍채학 연구의 방향을 정립할 수가 있게 되었다.